La Masonería italiana padeció, desde sus albores dieciochescos, la oposición más virulenta de la Iglesia Católica.

Napoleón Bonaparte, que, como ya hemos comentado, siempre favoreció e instrumentalizó  la Francmasonería, creó un Gran Oriente de Italia, en 1805. La caída del Emperador dejó la política europea (y de manera especial, en Italia y España), durante varios lustros, a merced de las potencias conservadoras signatarias del tratado de Viena. Habría que esperar hasta 1859 para ver despuntar nuevamente con fuerza el movimiento masónico italiano, con Garibaldi y Mazzini, aunque doliente de una notable falta de unidad. Fué en 1862 cuando 20 logias italianas crearon el nuevo Gran Oriente de Italia. En 1872 se produjo la unificación de éste con el Supremo Consejo del Rito Escocés Antiguo y Aceptado, consagrando así la unidad administrativa de este método o sistema ritual, desde el 1º al 33º grado.

En 1898, presidiendo el Gran Oriente de Italia Ernesto Nathan, surgió pronto, por escisión, un Gran Oriente Italiano. Héctor Ferrari, sucesor de Nathan como Gran Maestre, impulsó la inmersión del Gran Oriente de Italia en el debate social candente que, como en otros países, dominaba la escena italiana de principios del siglo XX. Aumentó entonces enormemente el número de logias y de miembros de la Obediencia, pero se produjo un nuevo cisma, en 1908 y alentado por el Vaticano, del que nació la Serenísima Gran Logia de Italia, menos favorable a una abierta participación masónica en la problemática social. Tras la Primera Guerra Mundial, el fascismo proscribió la Masonería mediante su ley de 1925 (inspiradora de la española de 1940), torturando y forzando al Gran Maestre Domizio Torrigiani a suspender los trabajos de todas las Logias.  La Masonería italiana hubo de pasar a la clandestinidad, aunque se mantuvieron plenamente activos sus talleres situados fuera de las fronteras estatales. 

Tras la victoria aliada sobre el fascismo mussoliniano, a partir de 1943, se reconstituyó la Orden, recuperando el Gran Oriente su sede del Palazzo Giustiniani al año siguiente. Sin embargo, fuertes tensiones, basadas en disparidades de criterios, que a menudo encubrían intereses personales, debilitaron gravemente el resurgimiento masónico en Italia. Una escisión de la Serenísima Gran Logia de Italia dió nacimiento a la Gran Logia de los Antiguos Masones Libres y Aceptados. El Gran Oriente de Italia sostuvo su postura radical laicista, en línea con el Gran Oriente de Francia, vinculación que se mantuvo hasta 1961, en que el Gran Maestre Giordano Gamberini inició gestiones que llevaron a la Obediencia a romper sus lazos con el Gran Oriente galo, siendo reconocida por las Obediencias masónicas de escuela anglosajona a partir de 1972.

En 1992, aprovechando el desafortunado asunto de la pseudo-logia P-2, acaecido en 1981, la diplomacia vaticana consiguió, a través del juez Cordova, que se decidiera una indagación oficial sobre la Masonería italiana. Indagación que finalizó con el desistimiento por falta de elementos delictivos, tras varios años de laboriosas investigaciones y confiscaciones de documentos. Pero ello condujo al profesor Giuliano di Bernardo y a un importante número de masones del Gran Oriente de Italia a fundar, en 1993, la Gran Logia Regular de Italia, a la que traspasaron su reconocimiento los ingleses, mas no los norteamericanos, entrando pronto en franco declive (cuenta hoy con muy pocos miembros).

La panoplia obediencial existente, salvo novedades recientes, puede resumirse así:

El Gran Oriente de Italia está integrado actualmente por unas 600 logias y en  que trabajan siguiendo el método del Rito Escocés Antiguo y Aceptado, así como el del Rito de York y el de Memfis-Misraím, en cada caso y a elección de los talleres.

La Gran Logia de  Italia de los Antiguos Masones Libres y Aceptados es la segunda potencia masónica italiana, con cerca de 400 logias. Descendiente directa de la Serenísima Gran Logia creada en 1908, con sede en la romana Piazza del Gesú, sus talleres trabajan exclusivamente según el sistema del Rito Escocés Antiguo y Aceptado y su Gran Maestre es, simultáneamente, Gran Comendador del Supremo Consejo, elegido conjuntamente por los Venerables Maestros de las logias básicas o azules y los presidentes de las cámaras de grados superiores. Es una Obediencia mixta, en la que trabajan hombres y mujeres conjuntamente.

La titulada Gran Logia de Italia, que también se proclama descendiente de la Serenísima Gran Logia y ha solido ser la menos ingrata en los medios eclesiásticos italianos, a pesar de su heteróclita composición. Sus miembros trabajan según el Rito Escocés Antiguo y Aceptado y el Emulación.

La Gran Logia del Rito Simbólico solamente imparte los tres primeros grados masónicos. Está federada con el Gran Oriente de Italia.

Existen, además, otras minúsculas formaciones (Gran Logia de San Marino, Gran Logia Unida de Italia, etc.) que totalizan un pequeño número de miembros.